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Yo he hecho hace unos días el mismo recorrido en 8 días. Llegamos a Zagreb y volvimos desde Dubrovnik con coche de alquiler, eso no lo cambiaría en ningún caso. Para visitar las ciudades dejábamos el coche en parkings de pago que suelen costar 7 u 8 knr/hr. Para dejar el coche durante la noche elegíamos alojamientos que o bien tuvieran aparcamiento o se pudiera dejar el coche en algún sitio gratuito cerca, no tuvimos dificultades en cuanto a eso y casi siempre dormíamos en el centro. Pregunta cuando reserves si hay posibilidad de parking o que te indiquen dónde está el gratuito más cercano. Para llevar el coche en el ferry sí que es más complicado por el tema espacios estrechos y que aprovechan el espacio al mínimo, por lo que hay que ir con cuidado para meter y sacar el coche, pero nada más.

En nuestro itinerario de 8 días hemos visitado:

Zagreb (noche)
Plitvice
Zadar (noche)
Sibenik
Trogir
Split (noche)
Isla de Hvar (noche) fuimos en ferry con coche
Península de Peljesac
Korcula (noche) dejamos el coche en un parking de Orebic y fuimos sin coche
Dubrovnik (3 noches)

Ahora que hemos vuelto tengo clarísimo que pasaría en Hvar 2 noches y quitaría una en Dubrovnik, es pequeño y con 2 días es más que suficiente (en mi opinión).

Un saludo y disfruta de Croacia, a mí me ha parecido maravillosa.