[Mario]

Hola
Una de mas interesantes islas de Elafiti, mi opinion, es la isla Lopud.
Allí hacer un paseo hasta la plaza Sunj (unos 20-30 minutos andando).
Aparte de los barcos taxi y otros barcos turisticos, islas Elafiti podeis visitar con los barcos jadrolinija
https://acroacia.com/ferrys-croacia/
Parque nacional Mljet, si, podéis visitar en 5 horas.
Visitar la isla Vis seria una buena opcion (poco trafico, poca gente, tranquilidad y muchas calas «perdidas»), pero creo que es demasiado lejos (2 horas y media con el ferry) con el catamaran tarda menos, pero sale desde Split por la tarde.
De todas formas, debido que os vais en septiembre (menos gente), Hvar es también una buena opción.

Autobuses paran en la entrada del parque (vais a ver donde os deja el autobús desde Split, este sigue a Zagreb), antes de empezar la visita, informaos bien en que hora tenéis el autobús para Zagreb.
Teniendo en cuenta que viajais por Croacia con el transporte publico, ruta esta ok, mas, en 6 dias, no se puede ver.
Saludos