A Croacia por Venecia

Hola, Soy de Costa Rica y voy a visitar Zagreb saliendo desde Venecia y deseo saber cual es la mejor manera de hacerlo.
He leido que existen trenes y ferrys. No se cual será el mejor opción para llegar a Zagreb desde Venecia y aprovechar el viaje para conocer mientras se hace el recorrido.
Ademas deseo saber como se realiza el tramite migratorio entre los países. Es decir, si no voy a tener problema que mi vuelo llegue a un país (Italia-Venecia) y salga de Europa por otro (Croacia)?

Gracias